Борджиа, 2-й сезон

Папа желает лично увидеть условия жизни на улицах Рима и, после осознания крайней нищеты города, привлекает Джулию, чтобы разобраться, куда уходят деньги, выделенные на помощь нищим. Паоло приезжает в Рим и ищет встречи с Лукрецией, чему всячески старается воспрепятствовать Хуан, недовольный тем, что простолюдин порочит честь его сестры. Чезаре с матерью организовывают для Паоло и Лукреции свидание, при условии, что Паоло сразу после этого покинет Рим. Однако Хуан обнаруживает присутствие любовников в доме матери, на следующее утро с сообщниками подкарауливает Паоло и убивает его, инсценировав самоубийство через повешение, что делает невозможным христианское захоронение.

Последствия смерти Паоло набирают обороты — Лукреция, узнав о случившимся, теряет интерес к жизни и перестает кормить собственное дитя, требуя от отца признать факт убийства Паоло. Разобравшись в ситуации, Папа наказывает Хуана, выслав его со двора, и соглашается похоронить Паоло. Лукреция покушается на жизнь Хуана, но погибает его любовница. Кардинал Делла Ровере начинает реализацию плана по смещению папы, пытаясь заручиться поддержкой Доминиканского ордена. Король Карл, страдающий «неаполитанской лихорадкой», возвращается из Неаполя и намерен с помощью армии Сфорца и своей артиллерии отомстить Риму. Папа Александр поручает сыну подготовить город к обороне, изготовив собственные пушки, но, как оказывается, ни временем, ни средствами для этого Рим не располагает, и тогда Чезаре втайне от отца решается на рискованную авантюру...

Во время празднования чудесного спасения Рима от вражеского нашествия Чезаре узнает о бойне, учиненной французским разведотрядом в монастыре Святой Сесилии — были изнасилованы и убиты почти все монахини, в том числе и Урсула. Чтобы отомстить, Чезаре нужны люди и он посылает Микелетто вербовать наемников. От пленных французов удается узнать о присутствии в ставке Карла Джованни Сфорца, а также о хитростях, предпринимаемых силами снабжения французской армии. Папа, кардинал Чезаре и Сфорца вместе с армией, преследуя отступающего противника, идут на север, оставив Лукрецию во главе Рима. Кажется, что успех в сражении с армией Карла маловероятен, но действия Чезаре в ночь накануне сражения в корне меняют ситуацию.

После изгнания французов, Папа едет во Флоренцию, чтобы заставить замолчать Савонаролу, в то время как Чезаре отправляется в Форли разобраться с Катериной Сфорца. Во Флоренции Папа на встрече с Пьеро Медичи и Никколо Макиавелли обсуждает возможные способы избавления от Савонаролы. Чезаре передает Катерине ультиматум — либо приехать в Рим на поклон Папе добровольно либо закованой в цепях, но, несмотря на отказ, продолжает пользоваться ее полным расположением. Делла Ровере вновь встречается с Савонаролой — на этот раз, чтобы получить его благословение на убийство Папы Борджиа. Для реализации своего плана он возвращается в аббатство, где находит самоотверженного союзника — молодого монаха по имени Антонелло, готового пожертвовать собой во избавление от Борджиа. Папа возвращается в Рим, во время проводимого им причастия, купол собора Святого Петра разрушается — Папа трактует это, как проявление гнева божьего, и твердо решает исправиться...

По возвращении в Рим, Чезаре сообщает отцу о случившимся в Форли. Это толкает Александра на мысль крайней необходимости нового выгодного брака для обеспечения папства, к великому неудовольству Лукреции. Савонарола продолжает набирать сторонников во Флоренции. Папа еще надеется купить его предоставлением кардинальской должности, но после категорического отказа Савонаролы ни у кого не остается сомнений в необходимости его физического устранения. Делла Ровере начинает готовить Антонелло к свершению его миссии. Макиавелли сообщает Чезаре маршруты вывоза карет с золотом Медичи из флорентийских банков — и хотя Чезаре с наемниками захватывает их, он снова не может достичь своей главной цели.

Хуан возвращается в Рим с конкистадорами, привозит дары из Нового Света. Перед ним поставлена ​​задача — взять крепость Катарины Сфорца. Хуан прибывает в хорошо укрепленный Форли, но сил для его взятия у армии нет. Во время переговоров Хуан похищает сына Катарины. Лукреция проводит очередной смотр просителей своей руки, а Лодовико Сфорца выдвигает свою армию в Форли — прорвать осаду — об этом незамедлительно прознает Макиавелли и сообщает Чезаре, однако тот не спешит предупредить брата...

Лукреция принимает предложение руки и сердца Кальвино, однако хочет продлить свой роман с Раффаэло. Хуан возвращается в Рим, где, скромно умолчав о своем позорном бегстве, хвастает своими ранами и убеждает всех, что они являются лучшим доказательством его мужества и доблести на поле бране в Форли. Здоровье Хуана ухудшается; не в силах более терпеть боль, он находит спасение в опиуме. Чезаре догадывается, что его брат лжет и, когда у него наконец появляются доказательства, он обставляет все так, чтобы и отец узнал правду. Антонелло отправляется в Рим, он топит брата Бернардино в реке во время рыбалки. Борьба с Савонаролой вступает в решающую фазу — Чезаре обвиняет его в ереси.

Кальвино де Генова рассказывает Папе о причинах своего отказа жениться на Лукреции и вместе с братом покидает Рим. Чезаре решает лишить Савонаролу его главного оружия — любви масс. С помощью Макиавелли он придумывает способ сделать это. Опозоренного Савонаролу Чезаре отвозит в Рим. Антонелло избран дегустатором Папы. Его первая попытка отравить Папу терпит фиаско. Хуан становиться совсем невыносим и, Чезаре, понимая, что окружающие поддержат его, решается поставить точку в своей долгой вражде с братом...