Герцог Милана был убит 13 апреля 1477 года. В то же время Леонардо Да Винчи во Флоренции успешно проводит испытания летательного аппарата.
Леонардо строит боевые машины для Лоренцо Медичи, однако первые испытания проваливаются. Лоренцо дает ему неделю на то чтобы все исправить. Леонардо продолжает искать Книгу Листьев, а Папа отправляет своего племянника во Флоренцию.
Риарио извещает Папу о Леонардо Да Винчи. Ванесса едет в монастырь, чтобы помочь своим бывшим сестрам. Леонардо также направляется туда, чтобы выяснить причину помешательства монахинь. Папа направляет в монастырь Лупо Меркури, куратора секретного архива Ватикана для изгнания демонов.
Папа отправляет Риарио во Флоренцию для обсуждения условий капитуляции города. Да Винчи узнает больше о Сынах Митры и о причастии семьи Медичи к ее тайнам. Леонардо приходит на помощь Флоренции и останавливает вторжение Рима с помощью своих изобретений.
Во время суда над Да Винчи за мужеложство сразу же обнаруживается, что это была просто политическая уловка Рима с целью опозорить Медичи. Леонардо понимает, что нужно помешать судебному разбирательству. Между тем, Лоренцо пытается добиться расположения короля и королевы Испании, чтобы те оказали ему финансовую поддержку. Неожиданный посетитель, который приходит к Да Винчи, заставляет его вспомнить события детства.
В надежде найти Книгу Листьев Турок посылает Да Винчи найти абиссинца, картографа, который может помочь Да Винчи расшифровать карту. Выясняется, что абиссинца захватил в плен граф Владислав III Цепеш, более известный как граф Дракула. Джулиано продвигается в поиске шпиона среди приближенных Лоренцо. Тем временем Лоренцо ищет союзника против Рима в лице Федериго да Монтефельтро, герцога Урбино.
Леонардо создает подводный костюм и использует его, чтобы проникнуть в Ватикан. Папа пытается настроить союзника Лоренцо, герцога Урбино, против Медичи. Леонардо встречается с Папой и таинственным заключенным, который открывает ему великую тайну. Джулиано раскрывает личность шпиона Рима, но в это время его смертельно ранят.
Да Винчи узнает от турка, что он должен отправиться в Южную Америку. Медичи сталкиваются с Пацци, и Леонардо делает все, чтобы помочь Лоренцо.