Контроль над «Судьбой» лежит на чаше весов, в то время как битва между землянами и Люсианским Альянсом продолжается.
Раш находит мостик «Судьбы» и доступ к управлению всеми системами, но никому не говорит об этом. Он видит что «Судьба» пролетает рядом с какой-то планетой и выводит её из сверхсветовой скорости. Запасы еды и воды приближаются к концу. Принято решение отправить шаттл к нестабильной планете, звёздные врата которой заблокированы. При посадке шаттл терпит аварию.
«Судьба» прокладывает курс к кораблю схожего с ней дизайна, который дрейфует в космосе, это установщик врат. Паника переходит в любопытство, когда корабли успешно стыкуются друг с другом. Назначив Раша и Илая изучать данные, полковник Янг отправляет команду на разведку. Анализ данных показывает, что энергии другого корабля может хватить для открытия врат на Землю. Но во время передачи энергии на борту этого корабля экипаж обнаруживает расу инопланетян — Урсини.
Камила отправляется на свидание со своей женой, Шерон. Тем временем Илай навещает заболевшую мать. А Хлоя начинает странно себя вести.
Команда «Судьбы» снова сталкивается с опасными тварями. На планете с вратами команда попала в засаду живых растений, которые инфицировали лейтенанта Скотта своими спорами, отчего он потерял сознание и погрузился в некую иллюзию своего мозга, в которой весь экипаж «Судьбы» — обычные «гражданские», живущие в городке Кловердейл на Земле. Скотта удаётся излечить кровью Хлои, заражённой инопланетным патогенном.
Полковника Янга посещает видение: в нём «Судьбу» уничтожают те же самые инопланетяне, которые взяли в плен доктора Раша и Хлою. Уверенный в возможности такого исхода, он приказывает учёным привести в порядок вооружение корабля, а команде — быть готовой. Немного позже полковник Янг признаётся Рей в том, что опасается, что он сходит с ума. Но когда «Судьба» выходит из сверхсветовой скорости, Раш и Илай начинают подозревать, что видения полковника могут стать ключом к управлению навигационными системами корабля.
«Судьба» сталкивается с повреждённым кораблем, блуждающим в космосе. Раш надеется, что корабль исследуют, чтобы найти какие-нибудь данные или технологии. Не имея на борту шаттла, Янг и Раш должны проделать опасный путь к кораблю в скафандрах. Попав внутрь корабля, они обнаруживают пустые контейнеры, такие же, которые они видели на установщике врат. Как только Раш получает доступ к жизненному обеспечению и управлению энергией, двигатели корабля внезапно включаются, и корабль отлетает прочь от «Судьбы». У неизвестного корабля истощены энергетические ресурсы, корабли безнадежно разделились. Не желая никому говорить, что у него есть доступ к управлению кораблем, Раш объявляет, что он работает над программой, которая позволит включать подруливающие двигатели «Судьбы». Из-за сложности самой программы Раш делает предположение, что Аманда Перри смогла бы ему помочь. Как только она оказывается на борту с помощью коммуникационных камней, Раш сообщает ей о своём успехе с мастер-кодом «Судьбы» и приводит её на мостик. С помощью Раша Перри удаётся подвести «Судьбу» назад к неисправному кораблю. Но когда Илай докапывается до их плана, раскрывается его большой секрет.
Гинн использует «камни». Поменявшись телами с Амандой Перри, она продолжает давать информацию Командованию Земли о надвигающейся атаке Люсианского Союза на Землю. Подозревая, что она даёт правдивую информацию, Симеон убивает своего охранника и пытается достать Гинн, чтобы заставить её замолчать. Взяв Парк в заложницы, Симеон заставляет Волкера открыть врата на планету и сбегает. Когда Раш находит безжизненное тело Гинн, он понимает, что это означает для Аманды Перри. Он отправляется через врата на планету, куда сбежал Симеон, и объявляет вендетту. Увы, Командование Земли подозревает, что Симеон много знает и может дать информацию, которая могла бы помочь в предотвращении нападения люсианцев на Землю. Поэтому они приказывают доставить его живым. Янг должен послать Скотта и Грира, чтобы вернуть Симеона прежде, чем тот убьёт Раша или погибнет сам.
Неожиданные гости навещают экипаж «Судьбы». К кораблю пристыковался полностью восстановленный (до первоначального состояния) шаттл с людьми, оставленными на планете в другой галактике (13-я серия первого сезона). Их с опаской принимают на борт, где они рассказывают, что заснули в сломанном шаттле на планете, а проснулись уже рядом с «Судьбой». Некоторое время спустя все эти люди начали поочередно умирать так, как они уже умерли на той планете.
Команда продолжает учиться управлению «Судьбой». Запеленговав необычный сигнал, Раш добивается разрешения Янга отклониться от курса и исследовать его источник. Они обнаруживают множество обломков кораблей — как будто следы древней битвы. Не видя опасности, команда Скотта отправляется на исследовательскую миссию. Тем временем Илай пытается создать компьютерную модель битвы и в итоге приходит к выводу, что обломки — совсем не то, чем кажутся. Экипаж «Судьбы» сталкивается с беспилотными дронами — машинами, запрограммированными уничтожать любые инопланетные технологий. Они нападают на «Судьбу». В разгар боя появляется установщик врат с Телфордом и Урсини на борту.