События фильма разворачиваются в 1945 году в Хиросиме. Здесь живет большая семья Накаока — родители и их пятеро детей. Война сильно отразилась на жизни всех горожан — продуктов стало катастрофически мало, работы нет и ежедневно на улицах звучат сигналы воздушной тревоги. После того, как отца арестовали за антивоенную пропаганду, положение семьи стремительно ухудшается. А 6 августа один из сыновей Накаока по имени Гэн видит, как американский бомбардировщик что-то сбрасывает над городом.
«Босоногий Гэн» — аниме по мотивам манги Кэйдзи Накадзавы о мальчике по имени Гэн, который живет в Хиросиме во время Второй Мировой войны.