Из токийского музея древней истории сбегает Черный Самурай — древний японский воин, чьи доспехи привезли в музей накануне. Черный воин ищет Свиток Судьбы — древний манускрипт, хранящийся в школе боевых искусств. По стечению обстоятельств в данной школе Дафна участвует в турнире по боевым искусствам. Она становится свидетельницей того, как Черный Самурай похищает Свиток Судьбы. Вместе со своими друзьями — Скуби-Ду, Шэгги, Фредом и Вилмой, входящих в Корпорацию «Тайна» она втягивается в необыкновенные приключения в загадочной Японии. «Скуби-Ду и меч самурая» — мультфильм о приключениях Скуби-Ду и его друзей в Японии.