Появился на свет в семье далекой от искусства, но стал одним из самых популярных актеров Дании.
Миккельсен окончил театральное училище и почти сразу же получил приглашение сниматься в кино. Знаменит своими ролями в фильмах: «Кафе Гектор», «Пушер», «Том Мерритт», «Король Артур», «Пушер II», «Джули», «Прага», «Выход», «Казино Рояль», «Битва титанов», «Мушкетеры». Чаще всего Мадсу Миккельсену достаются роли злодеев, но актер нисколько не расстраивается по этому поводу, ведь именно благодаря такому типажу он получил известность.
Мадс Миккельсен восемь лет профессионально занимался танцами. Мужественная внешность в сочетании со свойственной танцорам грациозностью обеспечили актеру первое место в списке «Самых сексуальных мужчин Дании». С 1987 года Мадс женат на Ханне Якобсен, у супругов двое детей.