После шокирующих событий в доме Бута и Бреннан прошло несколько месяцев. Бут отбывает срок в тюрьме за убийство 3-х агентов ФБР, тогда как Бреннан и ее команда пытаются раскрыть заговор и найти того, кто пытался убить Бута. Команда института эксгумирует останки Говарда Купера, думая, что именно он стал первой жертвой заговора. Они еще не знают, что самое страшное в этом деле их ждет впереди.
Пока Бут и команда института скорбят о потере близкого друга, таинственный организатор заговора наносит новый удар. И теперь, чтобы раскрыть это дело, Бут и Бреннан должны понять, какое отношение к делу имеет Джон Эдгар Гувер. Шаг за шагом, агенты подбираются все ближе к разгадке.
ФБР расследует убийства Хутча Уайтхауза. Убитый работал на радио и вел активную борьбу против иммигрантов. Расследование осложняется тем, что у погибшего было много врагов. Так кто на самом деле убил ведущего радио — это и предстоит выяснить Агенту Буту и его напарнице доктору Бреннан.
Пока Бут и Бреннан выбирают детский сад для своей дочери, ФБР находит на берегу реки тело Хейза Робинсона — богача, который вел скромный образ жизни и разрабатывал видео игры. Однако погибший был не так уж чист: за спиной у своих друзей он вел грязную игру, чтобы добиться собственных целей. Быть может, его секрет был раскрыт, и потому его убили? Это и предстоит выяснить Буту и Бреннан.
На научной Конференции, где доктор Бреннан собиралась читать свой доклад, происходит убийство. Кто-то устроил пожар, чтобы скрыть убийство. Вскоре выясняется, что доктор Ходженс был знаком с жертвой, и это ставит перед Бутом задачу доказать невиновность своего друга.
ФБР расследует убийство девушки, чьи останки были найдены в поле. Выясняется, что убитая была родом из Азии. Что заставило девушку преодолеть такой долгий путь в Америку? Это и должны выяснить Бут и его команда. В то же время доктор Вазири надеется получить одобрение своей диссертации от доктора Бреннан.
Под детской каруселью обнаружили останки человеческого тела. Команде предстоит хорошенько покопаться в грязном белье руководителей огромной корпорации, к которой имел непосредственное отношение погибший. Обри начинает чувствовать эмоциональную связь с этим делом, что существенно затрудняет расследование. Бут и Бреннан выясняют отношения из-за того, что Кристина начала ругаться.
Дэйзи выходит на работу и пытается справиться с потерей Свитса весьма оригинальным способом. Демонстранты нашли останки у скважины во время акции протеста и винят во всем газовую компанию. Жертвой оказался Лореанс Брукс, знаменитый мастер ребусов. Что убитый делал около той скважины и кто мог убить такого затворника как он?
У команды всего пара частей тела. Поэтому они отправляются в увлекательное путешествие по свалкам города за недостающими фрагментами. Кто и зачем расчленил тело?Собранный по кусочкам оказывается профессором психологии Рендалом Фэрбанксом. Его опыты с человеческой психикой были не всем по душе.К тому же профессор предпочитал молодых аспиранток. Бут проходит дорожную школу и ему запрещено выезжать. Вэндел заканчивает лечение и начинает отношения с симпатичной медсестрой.
Кости покоряет Голливуд. Темперанс Бреннан расследует таинственную смерть Эвы Браги. В убийстве подозревают знаменитого охотника за драгоценностями, вора Сили Бута. После неудачи Темперанс отстраняют от расследования. и теперь она вынужденна заключить союз с Сили Бутом, чтобы без технологий и поддержки найти истинного убийцу.