После взрыва в штабе NCIS Тони и Зива застряли в лифте, Макги ранен осколком стекла, Дакки перенес инфаркт, когда узнал об этом. Для поимки Харпера Диринга подключили все федеральные агентства, приказ — «живым не брать».
Идет ремонт и восстановление штаба NCIS. Для оценки психологического состояния сотрудников после недавних событий приходит психолог, а команда расследует убийство одного из сотрудников NCIS — Маргарет Воткинс, которая работала в оружейном отделе.
Даки по собственной инициативе эксгумировал тело командора, которому делал вскрытие 12 лет назад, из-за всплывших новых фактов и, возможно, это был не несчастный случай, а убийство. Неожиданно это дело переплетается с новым убийством.
Найден экипаж вертолета, который совершал тренировочный полет возле побережья Атлантического океана и потерпел крушение 4 дня назад. Но у членов экипажа нет ранений, соответствующих этому. Между тем Тони и Макги заключают пари с Зивой.
Старшина Колин Боксер найден застреляным за рулем Феррари, но откуда у него деньги на такую машину. А Гиббс неожиданно натыкается на своего тёзку Лероя Джетро Мура, друга отца, с которым тот не разговаривает уже 40 лет и, в честь которого и был назван.
На капитана Джо Уэскотта и лейтенанта Майкла Торреса нападают, а на следующий день лейтенанта находят мертвым. Уэскотт утверждает, что напдавших было несколько, но на записи камеры слежения, только как он нападает на человека по имени Рендалл Керси. Сначала он не может этого объяснить, но потом выясняется, что Керси был в Афганистане и воевал на стороне врага, когда там был капитан.
Команда ищет террориста Рендалла Керси, который замышляет что-то серьезное, и обращается за помощью к капитану Джо Уэскотту потому, что он уже встречался с ним в Афганистане. Между тем Гиббс будет хозяином ужина в честь Дня Благодарения в этом году, а у Зивы особые планы — сходить в оперу.
После полуночного сеанса отец-военный должен встретить свою дочь и её подругу возле кинотеатра, но неожиданно неизвестные на фургоне похищают одну из девочек, а его убивают, когда он пытался помешать. Когда расследование заходит в тупик, Гиббс обращается за помощью к старой знакомой — мисс Пеннебекер Тем временем Тони начинает ревновать, когда узнаёт, что к Зиве приезжает друг из Израиля.
Агента Форнелла пытались убить, но, к счастью, он был в бронежилете. В ходе расследования Гиббс и Форнелл сталкиваются со своей бывшей женой Дианой, и, к их изумлению, она тоже оказывается агентом, работающим на Налоговое управление, — под прикрытием, она расследует крупное мошенничество, а представлялась под фамилией Форнелл, из-за чего чуть и не убили Тобиаса. Эта троица начинает вести совместное расследование.
Убит безработный муж командора ВМС, но откуда у него оказывается стодолларовая купюра, которую только хотели выпустить в обращение, а потом находят ещё на сумму 400 тысяч долларов. А тем временем к Тони на Рождество приезжает отец и без проблем конечно не обходиться.