Книга под названием «Тюрьма и воля», написанная в соавторстве с журналисткой Натальей Геворкян, состоит из 15 глав, среди которых — «Борисыч. Чужой, но заслуживающий уважения», «Я хотел быть лучшим», «Золотое время банкиров-дилетантов», «После Ельцина», «При Путине», «Страна меняет вектор» и другие. Последняя глава называется «О будущем России». В ней Ходорковский представляет программу развития страны «по пунктам, направлениям, приоритетам».
В предисловии к книге Ходорковский признается, что впервые ему предложили написать развернутую биографию в 2004 году, то есть спустя год после ареста в рамках первого дела ЮКОСа. Однако он отказался из соображений безопасности ряда людей, оставшихся на воле, а также из-за отсутствия литературных навыков. По словам Ходорковского, «после десятков статей и писем», которые он написал будучи в заключении, «появился и опыт, и навык».
В 2005 году Ходорковского вместе с руководителем банка «Менатеп» Платоном Лебедевым признали виновными в финансовых махинациях и уклонении от уплаты налогов и приговорили к восьми годам тюремного заключения.
В декабре 2010 года был вынесен приговор по второму делу ЮКОСа: Ходорковский и Лебедев были признаны виновными в хищении нефти и легализации полученных от ее продажи доходов. Бизнесменов приговорили к 13,5 года лишения свободы, однако впоследствии этот срок был сокращен на год. C учетом уже отбытого срока Ходорковский должен выйти на свободу в 2016 году. Платону Лебедеву в августе 2012 года сократили срок отбывания наказания на три года и четыре месяца, так что он выйдет на свободу в феврале 2013 года.
