Джек, Дэниел и Саманта оказались в плену у гоа’ улдаХатхор, в ее убежище, как две капли воды похожем на земную базу SGC. Наслаждаясь беспомощностью SG-1, Хатхор устроила шоу, заставив Дэниэла и Саманту смотреть, как она вживляет Джеку личинку гоа’ улда. Генерал Хаммонд послал на планету Хатхор четыре SG-команды под командованием полковника Мэйкписа, но спасательная операция провалилась, и Хаммонд сам отправился на выручку SG-1.
Джейкоб, отец Картер, привлек SG-1 к поискам старейшего Гоа’ улдовского Системного Владыки — Сета, спрятавшегося на Земле от гнева своих собратьев. Поиск в Интернете выявил, что на протяжении сотен лет Сет вербовал рекрутов в свою секту. После недолгих поисков SG-1 обнаружила вооруженное до зубов логово Сета, где он и его последователями укрылись от властей.
Главнокомандующий Азгардов, Тор, предупредил Джека о том, что Системные Владыки готовятся напасть на Землю, и предложил себя в качестве посредника между землянами и гоа’ улдами. Для переговоров о судьбе Земли на базу генерала Хаммонда прибыло трое Системных Владык — Йю, Нирти и Хронос. Тор убедил их заключить мир с землянами, но взамен троица гоа’ улдов потребовала уничтожения всех земных «Звездных Врат».
Во время плановой миссии команда SG-1 обнаружила в запертой изнутри комнате тела гоа’ улдов. Один их мертвецов держал в руках загадочную табличку, когда Дэниел ее коснулся, он начал слышать голоса и видеть кошмары. Медицинские тесты подтвердили неутешительный диагноз — шизофрения.
В рамках программы по обмену технологиями Джек, Дэниел и Тил'к отправились на планету Орбан. Оказалось, что дети орбанцев накапливают в памяти знания, а затем с помощью наномашин передают их остальному населению планеты, но сами при этом теряют память и превращаются в изгоев.
На секретном объекте Зоны 51 объявились двойники Саманты Картер и майора Кавальского, погибшего два года назад. Их появление застало врасплох персонал базы «Звездных Врат». Двойники из параллельного мира переправились на Землю через квантовое зеркало, которым когда-то (в конце перого сезона) воспользовался Дэниел.
Рутинная разведывательная операция превратилась в погоню за беглым гоа’ улдом, после того, как SG-1 попали в невидимую ловушку, сооруженную из силового поля, и оказались в плену у охотника за головами Ариса Бока. Арис Бок заставил SG-1 присоединиться к поискам беглеца, пообещав им за это свободу.
На одной из планет в средневековой деревне SG-1 освободили привязанную к столбу молодую женщину. Местный монах Саймон объяснил им, что Мери предназначалась в жертву демону, который уже много лет досаждает жителям деревни. Каноник выбрал Мэри, потому что ошибочно принял её болезнь за одержимость дьяволом.
Выйдя из «Звездных Врат», SG-1 неожиданно очутились в центре сражения между солдатами в форме SGC и отрядом джаффы. Джек, Дэниел, Саманта и Тил'к бросились на помощь «своим», решив, что, наконец-то, нашлась пропавшая команда SG-11. Но вместо благодарности загадочная SG-команда направила на SG-1 свое оружие.
SG-1 отправились на Чулак, чтобы спасти Абидосианов от очередного визита гоа’ улдов. Во время схватки Дэниэл заметил, что из близлежащей палатки за ними наблюдает… его пропавшая жена Ша’ ре. Он подбежал к ней, но Ша’ ре направила на Дэниэла наручное ленточное оружие. Теряя сознание, Дэниел увидел, что в палатку ворвался Тил'к с энергетическим шестом.