Вскоре после возвращения на Землю SG-1 узнаёт, что один из репликаторов со сбитого в предыдущем эпизоде корабля выжил и попал на российскую подводную лодку Б-4 проекта 641 (Классификация NATO «Foxtrot»). О’ Нилл и Тил'к должны уничтожить там всех расплодившихся репликаторов, в то время как Картер направляется вместе с Тором на его родную планету для того, чтобы найти способ остановить управляемый репликаторами корабль, который летит к главной планете Азгардов.
В SGC поступил сигнал бедствия с другой планеты. Команда SG-1 отправились на помощь своим собратьям и очутились в хорошо укрепленном бункере. Обитатели бункера, оказавшись из-за многолетней войны на грани вымирания, предложили SG-1 свои технологии в обмен на помощь землян. Но чем больше SG-1 узнавали потенциальных союзников, тем больше рождалось сомнений, жертвы они или агрессоры?
Ученые Ток’ ра предложили SG-1 испытать на себе устройства, созданные Атониексами, древней расой догоа’ улдовских времен. Приборы во много раз увеличивали силу и ловкость их владельцев. Вооруженные новоиспеченным устройством, Джек, Дэниел, Саманта и Тил'к отправились на очередную миссию.
В SGC, пришла старая знакомая Тил'ка — женщина-джаффа, утверждающая, что, войдя в контакт со своим симбионтом, она уговорила его выступить против гоа’ улдов и поделиться всеми технологиями лордов системы.
Один из членов SGC теряет над собой контроль и пытается убить членов совета Ток'ра. Выясняется, что это действие новой технологии гоа’ улдов, под воздействием которой человек теперь запрограммирован на убийство. Каждый сотрудник комплекса, должен пройти специальную проверку.
Из-за «Звёздных Врат» Земля попала под действие временной аномалии и проживает одни и те же шесть часов снова и снова. О том, что происходит, знают только Джек и Тил'к. Они должны убедить в этом остальных и разорвать цепочку временной ловушки.
Открытие, сделанное на океанском дне, даёт возможность России получить доступ к технологии «Звёздных Врат»: соединение обнаруженных на затонувшем корабле Азгардов Врат с отобранным у немцев в 1945 наборным устройством позволяет создать полноценный комплекс врат. Однако вскоре русские военные обращаются к своим американским коллегам с просьбой о помощи для выяснения обстоятельств трагедии на секретной военной базе в Сибири. SG-1 и сопровождающая их доктор Светлана Маркова отправляются на базу, где они обнаруживают странную форму жизни.
Во время археологической экспедиции на планету, являющуюся, по всей видимости, прародиной гоа’ улдов, Дэниел попадает в заключение к унасу и должен использовать все свои навыки, чтобы выжить. Пытаясь найти его, SG-1 сталкивается с неожиданными трудностями, обнаружив, что местные озёра буквально кишат живыми гоа’ улдами в диком состоянии.
На следующем задании команда полковника О’ Нилла попадает в центр конфликта между двумя цивилизациями, желающими колонизировать одну и ту же планету. Живущее там население на грани вымирания — огромный корабль занимается терраформингом, выжигая всю существующую на планете биосферу.
Память команды SG-1 стёрта. Они используются в качестве рабочей силы на подземном заводе ледяной планеты. Но на Тил'ка методы жителей планеты не действуют. Джек и остальные постепенно вспоминают прошлое.